Sau khi Hội Thánh Cao Đài thành lập, một số chức sắc cao cấp vốn có những quan điểm bất đồng trong việc tổ chức đạo, hoặc vị trí trị sự trung ương, hoặc do những mục đích cá nhân, cũng dần tách ra để hình thành những nhánh Cao Đài độc lập. Một số nhánh thành lập tổ chức giáo hội (Hội Thánh), một số khác hoạt động độc lập không thuộc hệ phái nào, cũng không thành lập tổ chức giáo hội. Ngoài ra, còn một số tổ chức của các tín đồ Cao Đài mang tính chất đoàn thể cũng được thành lập.

Lý giải cho hiện tượng này, các tín đồ Cao Đài tin rằng việc hình thành các nhánh Cao Đài khác nhau đã được Thượng đế báo trước thông qua bài cơ điểm tên 12 tín đồ đầu tiên, sẽ hình thành 12 nhánh Cao Đài. Với các nhà nghiên cứu, trong đó có cả tín đồ, số lượng các nhánh Cao Đài khác nhau tùy theo thời điểm chứ không cố định là 12 phái. Trong giai đoạn 1926-1934, tức là từ khi đạo Cao Đài làm lễ ra mắt đến khi Ðạo Nghị định thứ 8 ra đời cấm các chức sắc Tòa Thánh Tây Ninh tách ra lập Chi phái, thì các nhà nghiên cứu thống nhất có các nhánh theo trình tự thời gian thành lập như sau:

1. Minh Chơn Lý (1931) với trụ sở tại Mỹ Tho.
2. Tiên Thiên (1932) với trụ sở tại Cai Lậy.
3. Ban Chỉnh Đạo (1934) với trụ sở tại Bến Tre.

Theo thời gian, các nhánh Cao Đài diễn ra nhiều cuộc chia tách, sáp nhập, thống kê trong lịch sử có hơn 30 nhóm khác nhau[15].